エピソードIIでシオン達一行がエルザを降下させる都市、第二ミルチア。
「第二」の文字が示す通り、以前は別の場所に単なる「ミルチア」の名前で存在した。
何故、ミルチアはその場所を現在の位置に移さなくてはいけなかったのか？

――14年前に起きたある事件（俗に「ミルチア紛争 」と呼ばれる）を紐解くことで、
前作に散りばめられた幾つかの謎と共にそれが明らかになる。

原因は不明だが、殆どの機種のレアリエン（合成人間：知性、感情を持）が突如狂騒状態に陥り、市街の破壊活動を開始した。さる筋からの依頼を受けたケイオスとカナンは複座E.S.ASHER（イー・エス アシェル）」を駆り、その調査に向かう。

そこには無残に破壊された街並みが拡がっていた。その光景を唖然と見渡す2人に、連邦のA.M.W.S.（エイムス）による攻撃が加えられる。
味方識別コードの送信も虚しく、更に激しい砲火がASHERを襲う。

―― 危機一髪の状況を救ったのは緑色に塗り分けられた一機の連邦A.M.W.S.だった。鬼神の如き攻撃力…A.M.W.S.用のカタナ1本で他のA.M.W.S.を一刀両断する様は、相当な手練れパイロットの搭乗を想像させた。
大方を片付け地上に降りた2人の前に、緑色のA.M.W.S.のパイロットが姿を現す。それはある使命を帯びてミルチアの地に降り立った、若き日のジン ウヅキその人だった。
それぞれに目的が違うとは言え、ミルチアの案内に明るいジンはケイオス、カナンに請われ同道を承諾する。
3人が向かう旧ミルチアの心臓部には、おりしも雨が降り始める…。
ミルチアメインフレームの前に立ち止まり、ふとその建物を見上げる3人の前に立ちはだかる影。
まだ顔に傷痕の無いマーグリス。
そこで交わされる、どうやらジンとの間に深い因縁があるような会話。
その様式的なやりとりに続いて、これもまた美しく、舞う様な殺陣が始まる ――。