1999年、小惑星「ユリシーズ」は無数の隕石となり、地表へと降り注いだ。
被害が少なく復興への道を歩んだ「エメリア共和国」と、経済が破綻し、内戦状態に陥った「エストバキア連邦」。
アネア大陸を東西に分ける2つの国家は、この時を境に異なる道を歩みだす。
軍事政権のもとエストバキアの再統一がなされ、大陸に平和が訪れたかに見えた2015年。
繁栄を謳歌するエメリアの首都グレースメリアの空に、突如エストバキア軍機の大編隊が来襲する。
次々に緊急出撃するエメリア空軍。
戦闘機部隊「ガルーダ隊」にも、グレースメリア防空の任務が下された。
充分な数と装備を誇るエメリア空軍は、エストバキアの奇襲攻撃を押しとどめるかと思われた。
その時、謎の空中爆発とともに赤い編隊機が現れ、戦局は一変する。
エメリア空軍パイロットの妻メリッサは、この空爆で愛娘マティルダを失う。
戦車兵マクナイト軍曹は、難民となった市民の傍らで、エストバキアの進撃を阻止する作戦に参加する。
エストバキアの元エースパイロットであるヴォイチェク中佐は、負傷し二度と飛べない体となって、
情報将校としてグレースメリア駅に降り立つ。
空軍パイロットの恋人の元へと急ぐエストバキア人女性ルドミラ、そして…。
巨大な戦場で、人々の運命が交錯し始める。
小惑星落下による全世界的災害から16年。
被害を免れ、繁栄を謳歌するエメリア共和国の首都グレースメリア。
この空を守るエメリア共和国空軍 東部防空軍第8航空団第28飛行隊通称"ガルーダ隊"の1番機パイロット、TACネーム「タリズマン」が、今作のプレイヤーとなる。
