『ACE5』のメインとなるのが、この『キャンペーンモード』。 フルCGによるストーリームービーに彩られたモード内では、“オーシア連邦”と“ユークトバニア連邦共和国”の間の戦いの最中で揺れ動く仲間達の物語が描かれる。 プレイヤーはオーシア国防空軍のパイロットとなって、国境の海に浮かぶ島・サンド島中隊の一員となり、待ち受ける多彩なミッションをクリアして行くことになるのだ。 ゲーム冒頭では、プレイヤーはバートレット大尉率いる4機編隊の4番機として戦いに参加する。。
オーシア連邦領空に、国籍不明機が侵入した。 進入したのは高々度を行く、戦略偵察機であることが確認されている。警告にかかわらず領空侵犯を続行したため、オーシア沿岸防衛隊がSAM(地対空ミサイル)を既に発射した。 ミサイルは国籍不明機に命中したが、撃墜には至っていない。被弾した機は一転洋上への離脱を目指し、高度を下げつつも依然として飛行中である。 国籍不明機を捕捉し正体を解明するため、地上へ強制着陸させよ。 なお、許可あるまで発砲は禁ずる。
このサンド島沿岸に、国籍不明の不審船が接近するのをレーダーが捉えた。 また、当該船舶から無人偵察機とみられる物体が射出されたことも確認されている。 偵察活動を終えた無人偵察機は、回収されるために不審船へ戻るものと予測される。 回収される前に無人偵察機を捕捉、破壊し、その偵察活動を阻止せよ。 なお、船舶への攻撃は許可あるまで禁ずる。
ユークトバニア航空部隊による奇襲攻撃を受けていると、セント・ヒューレット軍港から入電があった。 現在、港全体は極度の混乱状態にある。港にはオーシア第3艦隊の艦船が停泊中であり、敵の攻撃にさらされている。 セント・ヒューレット軍港に急行し、艦船の湾外への脱出を支援せよ。なお、第3艦隊の中核を成す空母ケストレルだけは必ず守りぬけ。