超大国オーシア連邦とユークトバニア連邦共和国とを巻き込んだ、『環太平洋戦争（2010年）』から遡ること15年。
この大戦の要因となった、15年前の戦争―『ベルカ戦争』が今作の舞台となる。
プレイヤーは、ウスティオ空軍第6航空師団―通称「傭兵部隊」に属するTACネーム“サイファー”となり、第66飛行隊所属「ガルム小隊」の一番機として、“片羽の妖精”と異名を持つ相棒“ピクシー”とともに、ベルカの空に繰り広げられる戦乱を戦い抜く。

『エースコンバット・ゼロ』のメインテーマは、プレイヤーと大空で戦いを繰り広げる“敵”。
多種多様な強さや性格、それぞれに得意とする戦法を持った個性溢れる敵が次々に登場!
これにより、プレイヤーは新鮮な驚きと手応えを感じる空戦を楽しみつつ、自然と各々の“敵”に合わせた戦い方や攻撃方法を発見することになる。
つまり、これら個性的な“敵のエース”たちの存在が、“自分だけのエースパイロット体験”を実感させてくれるのだ!